Prof. Dr. Stefan Binder, Molekulare Botanik, Universität Ulm

Seminar:

Aktuelle Themen der Pflanzenmolekularbiologie und Pflanzenbiotechnologie
WS 11/12

Seminar: Fr. 27.1.12, Beginn 17.00 Uhr (s.t.) Sa. 28.1.12 Beginn 9.00 Uhr (s.t.)

Das Seminar findet im SK-Raum (Raum 501 in M24) statt. Es besteht Anwesenheitspflicht.

Die Vorträge sollten ca. 20 min dauern, mit Power-Point präsentiert und auf einem Memory-Stick bereitgehalten werden. Alle Vorträge sollen bereits um 16.30 Uhr abgegeben werden bzw. per e-mail zugesendet werden.

Der Vortrag muss spätestens eine Woche vor Beginn des Seminars fertig sein und dem Seminarleiter vorgestellt werden. Wird dieser Vorstellungstermin vom Seminarteilnehmer verpasst, wird dieser vom Seminar ausgeschlossen. Der Vorstellungstermin muss rechtzeitig mit dem Seminarleiter vereinbart werden.

Der jeweils erste Vortrag in einem Themenblock sollte eine kurze allgemeine Einleitung beinhalten. Die Einleitungen der weiteren Vorträge können entsprechend kurz gehalten werden und sich auf die Fragestellung des Papers beziehen.

Wichtig, die Fragestellungen bei den einzelnen Publikationen müssen klar herausgearbeitet werden. Es sollten die wichtigsten Ergebnisse vorgestellt werden. Es ist nicht notwendig, alle Ergebnisse einer Publikation vorzustellen.

Alle Artikel sind online erhältlich (Elektronische Zeitschriften). Der Zugriff auf die Dateien muss jedoch von einem Rechner an der Uni erfolgen.

Vorträge:

Small RNAs

Tobias Eilert:

Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes is directed by the 5' terminal nucleotide.

Mi S, Cai T, Hu Y, Chen Y, Hodges E, Ni F, Wu L, Li S, Zhou H, Long C, Chen S, Hannon GJ, Qi Y.

Cell. 2008 Apr 4;133(1):116-27. Epub 2008 Mar 13.

Marius Hausberger:

Arabidopsis Argonaute10 specifically sequesters miR166/165 to regulate shoot apical meristem development.

Zhu H, Hu F, Wang R, Zhou X, Sze SH, Liou LW, Barefoot A, Dickman M, Zhang X.

Cell. 2011 Apr 15;145(2):242-56.

Nelly Rüttiger:

RNA polymerase V transcription guides ARGONAUTE4 to chromatin.

Wierzbicki AT, Ream TS, Haag JR, Pikaard CS.

Nat Genet. 2009 May;41(5):630-4. Epub 2009 Apr 19.

Patrick Grees:

Small silencing RNAs in plants are mobile and direct epigenetic modification in recipient cells.

Molnar A, Melnyk CW, Bassett A, Hardcastle TJ, Dunn R, Baulcombe DC.

Science. 2010 May 14;328(5980):872-5. Epub 2010 Apr 22.

Functions of Pentatricopeptide Repeat (PPR) Proteins

Rebecca Zeh:

Cytoplasmic male sterility of rice with boro II cytoplasm is caused by a cytotoxic peptide and is restored by two related PPR motif genes via distinct modes of mRNA silencing.

Wang Z, Zou Y, Li X, Zhang Q, Chen L, Wu H, Su D, Chen Y, Guo J, Luo D, Long Y, Zhong Y, Liu YG.

Plant Cell. 2006 Mar;18(3):676-87. Epub 2006 Feb 17.

Steffen Eipper:

RNA PROCESSINGFACTOR 3 is crucial for the accumulation of mature ccmC transcripts in mitochondria of Arabidopsis thaliana accession Columbia.

Jonietz C, Forner J, Hildebrandt T, Binder S.

Plant Physiol. 2011 Aug 29. [Epub ahead of print]

Theresa Endres:

The Arabidopsis mitochondria-localized pentatricopeptide repeat protein PGN functions in defense against necrotrophic fungi and abiotic stress tolerance.

Laluk K, Abuqamar S, Mengiste T.

Plant Physiol. 2011 Aug;156(4):2053-68. Epub 2011 Jun 8.

Jan Michael Kromer:

MRL1, a conserved Pentatricopeptide repeat protein, is required for stabilization of rbcL mRNA in Chlamydomonas and Arabidopsis.

Johnson X, Wostrikoff K, Finazzi G, Kuras R, Schwarz C, Bujaldon S, Nickelsen J, Stern DB, Wollman FA, Vallon O.

Plant Cell. 2010 Jan;22(1):234-48. Epub 2010 Jan 22.

Lisa Stegmaier:

Site-specific binding of a PPR protein defines and stabilizes 5' and 3' mRNA termini in chloroplasts.

Pfalz J, Bayraktar OA, Prikryl J, Barkan A.

EMBO J. 2009 Jul 22;28(14):2042-52. Epub 2009 May 7.

Annika Brych:

AtPPR2, an Arabidopsis pentatricopeptide repeat protein, binds to plastid 23S rRNA and plays an important role in the first mitotic division during gametogenesis and in cell proliferation during embryogenesis.

Lu Y, Li C, Wang H, Chen H, Berg H, Xia Y.

Plant J. 2011 Jul;67(1):13-25. doi: 10.1111/j.1365-313X.2011.04569.x. Epub 2011 Apr 18.

Amino acid metabolism

Jessica Falk:

Identification of the 2-hydroxyglutarate and isovaleryl-CoA dehydrogenases as alternative electron donors linking lysine catabolism to the electron transport chain of Arabidopsis mitochondria.

Araújo WL, Ishizaki K, Nunes-Nesi A, Larson TR, Tohge T, Krahnert I, Witt S, Obata T, Schauer N, Graham IA, Leaver CJ, Fernie AR.

Plant Cell. 2010 May;22(5):1549-63. Epub 2010 May 25.

Thandi Schwarz:

Genetic analysis of pathway regulation for enhancing branched-chain amino acid biosynthesis in plants.

Chen H, Saksa K, Zhao F, Qiu J, Xiong L.

Plant J. 2010 May 22. [Epub ahead of print]

Marcel Lackner:

Broad connections in the Arabidopsis seed metabolic network revealed by metabolite profiling of an amino acid catabolism mutant.

Gu L, Jones AD, Last RL.

Plant J. 2010 Feb;61(4):579-90. Epub 2009 Nov 19.

Sabrina Kraus:

Combined transcript and metabolite profiling of Arabidopsis grown under widely variant growth conditions facilitates the identification of novel metabolite-mediated regulation of gene expression.

Hannah MA, Caldana C, Steinhauser D, Balbo I, Fernie AR, Willmitzer L.

Plant Physiol. 2010 Apr;152(4):2120-9. Epub 2010 Feb 26.

Miscellaneous

Silvia Schneider:

Natural allelic variation underlying a major fitness trade-off in Arabidopsis thaliana.

Todesco M, Balasubramanian S, Hu TT, Traw MB, Horton M, Epple P, Kuhns C, Sureshkumar S, Schwartz C, Lanz C, Laitinen RA, Huang Y, Chory J, Lipka V, Borevitz JO, Dangl JL, Bergelson J, Nordborg M, Weigel D.

Nature. 2010 Jun 3;465(7298):632-6.

Helena Stegherr:

Next-generation protein-rich potato expressing the seed protein gene AmA1 is a result of proteome rebalancing in transgenic tuber.

Chakraborty S, Chakraborty N, Agrawal L, Ghosh S, Narula K, Shekhar S, Naik PS, Pande PC, Chakrborti SK, Datta A.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Sep 20. [Epub ahead of print]

Julia Benkert:

Coexpression of potato type I and II proteinase inhibitors gives cotton plants protection against insect damage in the field.

Dunse KM, Stevens JA, Lay FT, Gaspar YM, Heath RL, Anderson MA.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Aug 24;10 7(34):15011-5. Epub 2010 Aug 9.